防汛抗旱指挥部原则上来讲，是整体划转到应急管理部门，不会新设防汛抗旱指挥部。而原本的防汛抗旱指挥部就是设立在水利部门，在内蒙古、山东、贵州等省均明确了应急管理厅承担防汛抗旱指挥部的职责。各地防汛抗旱组织机构各有不同，待进一步理顺关系后，将会明朗。
防汛抗旱划归应急管理部门后，是否还需在应急管理部门单设防汛抗旱指挥部？
防汛抗旱指挥部原则上来讲，是整体划转到应急管理部门，不会新设防汛抗旱指挥部。现在各机构改革仍在进行，各部门的职责尚在清理，机构改革的大原则范围下，也不允许再新设防汛抗旱指挥部。各地防汛抗旱组织机构各有不同，待进一步理顺关系后，将会明朗。一、中央层面：按照《中共中央深化党和国家机构改革方案》：……（三十）组建应急管理部。
……将国家安全生产监督管理总局的职责，国务院办公厅的应急管理职责，公安部的消防管理职责，民政部的救灾职责，国土资源部的地质灾害防治、水利部的水旱灾害防治、农业部的草原防火、国家林业局的森林防火相关职责，中国地震局的震灾应急救援职责以及国家防汛抗旱总指挥部、国家减灾委员会、国务院抗震救灾指挥部、国家森林防火指挥部的职责整合，组建应急管理部，作为国务院组成部门。
二、省级层面： 原则上来说，应急管理部门的组建，其中一项职能就是水利部门的防汛抗旱职责。而原本的防汛抗旱指挥部就是设立在水利部门，在内蒙古、山东、贵州等省均明确了应急管理厅承担防汛抗旱指挥部的职责。1.摘自：《内蒙古自治区应急管理厅职能配置、内设机构和人员编制规定》（2019年08月14日09:44 来源：人民网-内蒙古频道）：……（七）防汛抗旱处。
组织协调全区水旱灾害应急救援工作，协调指导重要河流湖泊和重要水工程实施防御洪水抗御旱灾调度和应急水量调度工作；承担自治区防汛抗旱指挥部日常工作。……2.摘自：中共山东省委办公厅（鲁厅字【2019】47号）山东省应急管理厅职能配置、内设机构和人员编制规定（三定方案）第三条：……（十八）承担防汛抗旱、抗震救灾、森林防火相关指挥部日常工作，承担省政府安全生产委员会日常工作。
3.摘自：《贵州省应急管理厅职能配置、 内设 机构和人员编制规定》…… (九) 指导协调森林和草原火灾 、 水旱灾害、 地震和地质灾害等防治工作, 负责自然灾害综合监测预警工作,指导开展自然灾害综合风险 评估工作; 承担省防汛抗旱指挥部和省森林防火指挥部日常工作但河南、广东等省级应急厅仍未将防汛抗旱指挥部纳入到省应急厅的职责。
三、工作格局应急管理部门组建的目的是：提高国家应急管理能力和水平，提高防灾减灾救灾能力，确保人民群众生命财产安全和社会稳定，是我们党治国理政的一项重大任务。为防范化解重特大安全风险，健全公共安全体系，整合优化应急力量和资源，推动形成统一指挥、专常兼备、反应灵敏、上下联动、平战结合的中国特色应急管理体制，因此，在各项职责尚未厘清之前，防汛抗旱指挥部仍在水利部门，职责已经划清的，防汛抗旱指挥部将会划转到应急管理部门。
