虽然，我们今天依据民族学的有关理论，可以对此古人颇难理解的现象做出科学、合理的解释。这一现象是商、周两族分别在契、弃时，处于母系社会时期的一典型特征，即知母而不知父，契、弃之所以被后世的商、周族人分别尊为第一位男性祖先，也是商、周两族分别在契、弃时，处于母系社会向父系社会转变阶段，且这一社会转型宣告完成之时的生动体现。
“始祖”这一称谓，大致在先秦时期已经出现。在由西周初周公据以往丧服礼俗加以修改、制定，再经过春秋时孔子的编订而成书的《仪礼·丧服》中，已出现“始祖”这一称谓。李衡眉先生认为，“始祖”的广泛使用，与东汉末著名儒家学者郑玄有密切的关系。郑玄注释《周礼》、《礼记》时，也采用“始祖”这一称谓。由于郑玄经书诠释风靡一时，后人多沿用其说，不察其误，致使后代宗庙中出现以“始祖”之称代替“太祖”之称的现象。
更有甚者，有的朝代竟于同一庙制中既设“始祖”之室，又设“太祖”之室，造成混乱，直至五代后晋张昭远始纠其谬。这一说法不准确。张昭远并非发觉上古时仅有“太祖”，无“始祖”称谓的第一人。早在唐中宗神龙元年（705）五月，太常博士张齐贤就明确提出，太祖就是始祖。太祖之外，更无始祖。秦汉以后，中国历代皇帝未有以“始祖”为庙号者。
这说明，在古代中国，“始祖”仅仅是对久远最早的祖先的一种尊称。太（大）祖，在周代礼制中，是作为宗庙的“始祖”来使用的。《礼记·王制》记载天子七庙，系三昭三穆祖先庙与大祖庙合而为七。郑玄也注说，大祖，就是周人的始祖后稷。不过，郑玄注释《礼记·丧服小记》 时，没有继续使用“大（太）祖”这一称谓，而是使用“始祖”这一概念。
所以，“始祖”的含义与《礼记·王制》郑玄注中的“大（太）祖”意义相同，并无新意。都是指某一宗（家）族的第一位祖先。天子“七庙”中的“太祖”庙万世不毁。太祖用作帝王的庙号，始于汉高帝刘邦。刘邦卒后，群臣沿袭古礼，追尊其庙号曰太祖。此后，魏曹操、吴孙权、晋司马昭、北魏拓跋珪、隋杨忠、唐李虎、宋赵匡胤、辽阿保机、西夏李继迁、金阿骨打、元铁木真、明朱元璋、清努尔哈赤等历代帝王宗庙，皆被追加太祖庙号。
用作庙号的太祖，其“始祖”的含义日渐淡弱。“高祖”原是某人对其父亲之祖，即曾祖父之父的称谓。随着时间的推移，“高祖”逐渐被赋予“远祖”含义。顾炎武在《日知录》卷之二四《髙祖》中已经指出了这一问题。无独有偶，清初学者阎若璩在《潜邱札记》卷五《补正日知录》中也指出：先秦时人有时笼统地通称曾祖父以上的祖先为“高祖”。
顾炎武、阎若璩的研究表明，古籍中记载的“高祖”，不单纯是某人对父亲祖父的称谓，还有可能是对远世祖先的一种笼统的称谓。秦汉以后，“高祖”在用作亲属称谓的同时，逐渐被用作皇帝宗庙庙号。以往多习惯称西汉开国皇帝刘邦宗庙庙号为“高祖”。其实，这种说法并不确切。“高”乃刘邦去世后，惠帝及众臣僚为其追加的尊号、谥号。
邦宗庙庙号应为太祖。惠帝以后的汉朝人称呼刘邦，严谨的合乎礼仪的称谓是“太祖高皇帝”。司马迁混淆刘邦“高皇帝”谥号及太祖庙号，称其为“高祖”。相比较而言，班固则较为审慎，没有使用“高祖”这一混杂谥号和庙号的称谓来称呼刘邦。所以，阎若璩在《尚书古文疏证》卷四第五十九中对司马迁随意混淆刘邦宗庙庙号、谥号的做法提出了批评。
“高祖”作为皇帝宗庙庙号，始于三国魏明帝。魏明帝追加其父魏文帝曹丕的宗庙庙号为“高祖”。此后，晋司马懿、南朝宋刘裕、梁萧衍、陈陈霸先、北魏拓跋（元）宏、北齐高欢、北周宇文邕、隋杨坚、唐李渊、后晋石敬瑭、等历代帝王宗庙，皆被追加“高祖”庙号。“太祖”、“高祖”庙号有无地位尊卑之别？从最初并采“太祖”、“高祖”作为皇帝宗庙庙号的三国曹魏来看，在魏明帝和众臣僚的观念中，“太祖”的地位，似尊于“高祖”。
魏明帝君臣虽比较严格的遵循儒家典籍有关记载，以曹操为皇家宗庙“始祖”，曹操之前三世祖先宗庙，亲尽迭次迁毁。但值得注意的是，曹操之所以被追认为皇家宗庙太祖，无疑是因为无论就宗法行辈，还是生平功绩而言，都高于其子曹丕。其后，北魏、北周分别追加道武帝拓跋珪、文帝宇文泰太祖庙号，孝文帝拓跋（元）宏、武帝宇文邕“高祖”庙号，虽似皆表明“太祖”尊于“高祖”。
