罗仲伟表示，知网的运作和盈利模式，是建立在知网所形成的不平等地位上的，因此一直遭到很多质疑。 知网搭建的网知网集公共服务和市场化服务于一身，一边利用其提供公共服务的属性，获取了大量的政策扶持和支持，以及版权资源；另一边，知网也在通过提供市场化服务中不断发展壮大。但是让学界很多人诟病的是，知网混淆了公共服务和市场化服务的边界，使其公共服务也成了赚取利润的“棋子”。
一方面，知网的权威建立在学者们的汗水之上，知网赖以生存的版权资源，正是中国学术界无数学者辛勤付出的结晶；另一方面，这些研究成果却被占有，知网“店大欺客”，在学术界头上拥有绝对话语权。有人质疑，一些由政府或公益基金资助的科研项目，凭啥成了知网赚钱的工具？山西大学哲学社会学学院教授梅剑华表示，和娱乐产品以及其他文化产品不一样的是，学术产品是人类追求真理产生的知识产品，它具有很大的公共利益属性，本身就应该公开并让全社会受益。
所以知网这样的数据库平台，它承担的功能就不仅仅是一个盈利机构，甚至也不仅是个公益机构，它应该是一个国家和社会都需要的重要公共数据平台。它需要借助社会和商业的力量做好平台，同时也需要维持平台本身的正义性，即以广大科研人员和学者的学术需求为首要导向，在为其提供优质服务的前提下获取自身合理有度的收益。但在这些年的高速发展中，过度商业化已经让知网的服务严重偏离了公益性。
这些年来，因为版权方面的纠纷，知网吃了不少官司。天眼查的法律诉讼显示，知网所属公司共涉及1500多条诉讼，其中因著作权权属、侵权纠纷和侵害作品信息网络传播权的纠纷超过1100条。但是在高额的利润面前，知网侵犯知识产权的行为并没有发生多少改变。当知网建立起完整的体系以后，因为缺乏竞争性的机制，就变成了一家独大的局面，进而垄断了我国整个电子出版的期刊市场，不给发表文章的作者支付相应的稿费也变成了习惯。
一位曾经在知网法务部的人士告诉记者，现在期刊也做数字化出版，作者在投稿的时候肯定会看到期刊的官网里写的投稿须知。稿件被录用后，作者跟编辑部签版权协议，（协议）授权编辑部把文章上传到知网等数据库。根据记者调查，通过与达成合作的期刊、杂志授权，知网将大量论文收入自己的数据库。但是，这些论文的作者只授权期刊、杂志上发表，并不涉及像知网等第三方平台的信息传播授权，知网如果收录和传播作者的论文，依旧需要得到论文作者的许可。
事实上，不仅与知网合作的期刊没有通知作者本人，知网也不会主动通知论文作者。很多时候，即使是与知网没有合作的期刊、杂志等媒介平台上发表的论文，只要被知网看上，也都被收录并进行用来获利，而论文作者本人却丝毫不知情。这些年，知网利用自己的市场支配地位，相关服务频繁涨价。其收费不光众多个人大呼受不了，作为知网使用大户的一些高校也在吐槽“涨价离谱”。
2016年1月7日，武汉理工大学图书馆发表声明称，2000年以来，知网对该校的报价，每年价格涨幅都超过10%，特别是2012年涨幅高达24.36%，从2010年到2016年的报价涨幅为132.86%，年平均涨幅为18.98%。但涨价背后，期刊、论文作者等知识生产者却很难从知网分一杯羹。信息搜索显示，从2012年至2021年的10年间，至少有6所高校发布公告暂停使用知网，停用原因均为知网涨价过高，无法和学校达成使用协议。
其中，影响最大的是2016年3月，北京大学官网上贴出因中国知网涨价而停用的通知，引发了对知网垄断的质疑。不少业界人士指出，知网之所以能够毫无顾忌地涨价，最关键的是在市场上掌握话语权。知网的涨价让许多订购其服务的高校和科研院所叫苦不迭。但是他们却对知网的涨价毫无反抗之力。虽然一些高校和科研院所对知网采取过抵制动作，但结果都以客观需要而向知网妥协告终。
武汉理工大学图书馆2016年怒批并停用知网，但在不到1个月后，又不得不重新订购并恢复开通知网数据。 学术数据库的公益属性亟待回归另外，知网被广大毕业生吐槽最多的是论文查重。由于知网拥有较为丰富的全文比对资源库支撑，查重结果权威性更高，各高校往往将其作为首选。而高校普遍为学生免费提供两次知网查重检测，一次是初检，第二次是专业检查，即终检。
