在土司衙门里，还有朝廷派出的同级官员，基层事务由土司、穆图等低级官员负责。土司土地的主要内容是在云南、贵州、广西等西南边境地区。封建王朝任命地方蛮族首领为各级土司或酋长。有了酋长的职位，酋长所担任的官职和职位就不能随意废除，但经过批准可以世袭。酋长可以指挥隶属于国军的酋长军，酋长军由酋长管辖下的蛮族壮丁组成。
土司制度最早出现在元代，在此之前中国封建王朝对少数民族地区管理施行的是羁縻治策。两者在完善程度和具体细化方面虽有区别，但其内涵治理思想和施用范围等大体一致。一土司之地的主要内容在以滇黔桂等西南部为主的边疆地区，封建王朝任命当地蛮夷首领为各级土官或土司，土官土司职位的带下，官职和所任职务不可随意废除，经过批准乃可世袭。
如果履职不善或者互相兼并，朝廷当免其职降职或者治罪。有些地区在罢免土官土司以后，朝廷改派流官管辖其地，史称改土归流。朝廷将土司土官的任用，与当地所置的统治机构相结合。在土司任职衙门亦设朝廷派遣的同级流官，基层事务则由土司土目等低级土官负责。土官土司任职的机构仍有羁縻的性质，但被纳入国家行政系统管理。
土官土司有正式的品秩，有待遇有权利和义务等方面与内地官吏大体一致。土司土官的职责，包括在辖区清查户口收取赋税统领土军判决纠纷维持治安与定期朝贡等。土司土官可统率属于国家军队的土军，土军由土官土司所辖的蛮夷壮丁组成。土军主要用于维持地方治安，但也接受朝廷的调遣，有上级土官土司率领赴外地出征。土司土官制度在西南边疆取得了成功，而其关键在于与当地蛮夷社会的特点暗合。
受地理气候环境与动植物资源具有复杂多样性的影响，西南边疆诸族的生产生活方式复杂多元。诸族长期居住特定的自然环境，积累了适应当地生活的特殊经验，与居住地的土地和自然资源存在紧密的联系。而另一方面，数千年间外地移民不断迁入，与西南土著民族逐渐融合，使西南边疆文化的类型类似于内地，他们虽然经济发展的水平比较低，但有经济上自给自足及文化类型接近内地等特点。
因此，西南边疆诸族的主要矛盾在其内部，即诸族内部及相互之间谓资源占有和恩怨长期进行斗争，并由此形成盘根错节的利益关系，或者说西南诸族的斗争主要是在本地，对内地的封建王朝，西南诸族势力则多怀有敬畏之心。二土司制度对社会的影响土司制度对于当时最大的影响，主要是文化认同和政治认同。边疆各族群及其文化与中央王朝为代表的主流文化的差异是显而易见的。
语言服饰生活习俗和历史进程等诸多方面与中原地区有着很大的差别，这些差别和差异导致了没矛盾和冲突。不同族群建立了相对独立的地方政权与中央政府讨价还价成为普遍历史现象。但是，他们与中央的关系无法断绝和割舍的，一是历史以来经济文化上的依赖，二世政治军事上的保护与支持，三是各族都有一统天下的雄心壮志，这些都导致了诸族对中央王朝缺乏政治认同和文化认同。
土司制度，恰好就对于这种认同关系的的构建产生了重要的历史影响。土司制度在边疆族群与主流文化的文化认同关系上，是用过历史的几点上升到统一政权下中央与地方的依赖关系。在不同地区与不同族群当中，土司们借助中央政府的文化推广政策，学习借鉴和改造自己的民族文化，进而发展成为地域色彩浓郁的地方文化，并不断的推广辐射和延伸。
诸如人们早已认同的广东广西湘西贵州和云南等地的地方文化，没有人质疑他们的中华文化性，更没有人能否定他们的地方性和民族性。以云南为例，土司制度建立后，云南的变化是划时代的。明代以前，云南是以彝白傣等民族为主的边夷地区，从秦汉以来进入云南地区的汉人，都已入乡随俗，被夷化了。土司制度建立以后，广兴学社，各族子弟有机会举宠学官，教养笛子，使知礼仪，以美为俗。
再加上明代大量内陆汉人迁入，云南逐渐成为地域色彩浓厚、中国传统文化与当地民族文化成功兼容的云南文化。同时，土司制度的政治认同价值是以往任何时代的边疆政策都无法企及的。它不同于以往的边疆政策，是一种政府行为的有计划的身份建构，是一种中央和地方都能接受的政治模式。这个系统产生了两者互补的结果。土司制度赋予边疆各民族以国家地方行政实体的法律地位，成为国家行政单位的一部分。他们有严格的任命、晋升、继承和惩罚的制度程序，同时有相当大的自主权，这是非常重要的。
