这次重修使得慈禧太后陵墓无论是地上建筑还是地下陵宫部分都较前期大大提升，更远超其她帝后陵寝，相比清东陵其他帝陵亦是有过之而无不及！1909年，慈禧太后被葬入定东陵地宫。据慈禧太后生前贴身太监李莲英的侄子所著《爱月轩笔记》记载，慈禧太后下葬时有许多奇珍异宝陪葬。由于李莲英亲殓了慈禧太后，且这份笔记是有其亲自口述，其侄子亲笔所执，故其真实性是值得参考。
据《爱月轩笔记》记载，慈禧太后棺内的部分重要陪葬品有：用精美白玉雕成，号称可以“烟云流动的”九层玲珑宝塔，其价值已无法用银两估算；慈禧太后脚蹬碧玺莲花，重三十六两八钱，寓意“步步生莲”；慈禧头戴精美凤冠，其冠上最大珍珠重达4两，外形似鸡卵，价值白银1000万两；慈禧咽气时口中所含的夜明珠（东珠的一种），夜晚能发出幽绿色的光，价值白银1亿两。
据说后来这颗珍贵的夜明珠被军阀孙殿英托人送于了蒋介石的夫人宋美龄；两颗硕大的翡翠白菜、4个翡翠西瓜；此外棺内还有造型精致的金银玉器、精美绝伦的珊瑚树、雕刻完美的玉石佛像；……从这份名单不难看出，光是慈禧太后的棺内陪葬品即已价值连城、富可敌国。智者千虑，必有一失。慈禧太后做梦也不会想到自己身后的这些陪葬品非但没有使自己往生极乐，继续享受荣华富贵，反而给自身招来巨大横祸。
就在慈禧太后下葬3年后，即1912年。晚清这艘在海上风雨飘摇长达70余年之久的“破船”最终还是彻底沉没了！大清亡了。晚清覆灭，民国初肇。按照末代皇室与民国政府签订的《清室优待协定》，民国政府有义务保护前清各处皇陵。由于民国草创，缺乏有效的全国管制。导致军阀割据不断，“城头变幻大王旗”。处在这一时代背景之下，天高皇帝远。
落草为寇，自立为王已是常见！民国17年，盘踞在今河北省遵化市马兰峪一带的军阀孙殿英为筹措军饷，以军事演习的名义盗掘了清东陵。由于慈禧太后下葬时有珍贵陪葬品的传闻早已深入人心，故孙殿英来到清东陵后，首先选中的目标就是慈禧太后的陵寝。1928年5月17日上午，孙殿英在经过一番艰难搜索后终于找到了慈禧陵的地宫入口，随后命令士兵用炸药将地宫入口炸开。
此时距离慈禧太后完成盛殓，封闭地宫入口仅过了19年。孙殿英一伙进入地宫后，首先将地宫内的陪葬宝物洗劫一空，并下令士兵将盛有慈禧太后尸首的棺椁砍开。内棺刚打开时，在场人都被惊呆了。人们看到的是满棺的奇珍异宝发出的耀眼光芒。仔细一看，他们发现“老佛爷”的面容看起来竟如同刚下葬时的样子，富有光泽。众人以为“诈尸”，慌忙退后，但过了不一会其面部便发黑塌了下去。
稍有常识的人都知道这是因为尸体接触到了空气中的氧气进而发生氧化的结果。孙殿英命士兵将慈禧尸体从棺中抬出扔到地宫一旁，并扒去其身上衣物，仅留一内裤。为取出慈禧口中所含夜明珠，士兵用刀将其脸部的嘴角处砍破。慈禧太后生前一人之下万人之上，贵极人臣。做梦也不会想到自己死后会遭此如此巨大凌辱！真是应了那句话：“时也，势也，命也，运也，非吾之所能也。
”东陵案发生后，末代皇帝溥仪听闻此消息，气的捶胸顿足，但亦无可奈何。不久溥仪便命皇族中的前朝大臣载泽、宝熙等人前往东陵善后。他们来到慈禧地宫后，很快就找到了在地宫一角的慈禧尸体。只见慈禧尸体面色灰白，两眼深陷无珠，嘴角有明显伤痕、颧骨高隆。他们一行人将慈禧尸体重新入殓。还是使用原来的旧棺木，在棺内底部铺了一件黄缎褥子，然后将慈禧尸体重新平躺放进棺内，并为其盖上了一条崭新的黄缎被子。
然后将在地宫中寻获的慈禧生前剪下的指甲和牙齿重新包好一同放入棺内。之后便盖上了棺盖，棺材外面重新刷漆封盖。1979年，清东陵文物保管所派人重新清理了慈禧地宫，但没有动其棺内。4年之后的1983年，保管所领导决定重新清理慈禧棺内。当年12月6日，他们再次打开了慈禧棺材，这距离上次载泽等人的善后又过去了整整55年。
清理人员发现慈禧遗体是被一黄缎被子紧紧覆盖着。由此可以想象这55年内，没有人再动过慈禧棺内。看到此景后，清理人员便又重新盖上了盖子，然后封闭地宫。并向上级领导汇报了慈禧棺内情况。第二年，即1984年，国家文物局正式组织一批专家会同东陵保管所的部分人员共计10人，重新进入慈禧地宫。专家们再次打开慈禧棺材，然后将其尸体从棺材内小心抬出。
