多年之后发现黄蓉为周伯通送酒及食物，因而责骂她，黄蓉和父亲赌气从而由浙江一路北上。黄药师为了找寻女儿打破誓言离开桃花岛，在太湖归云庄发现了黄蓉、郭靖及为救杨康而来的梅超风。随后黄药师将陆乘风重收门下，授予“旋风扫叶腿法”以便恢复行走，并准许其传授桃花岛武功给陆冠英。并得知武眠风已死，黄药师吩咐梅超风找寻《九阴真经》和将其他弟子及家属带至归云庄。
黄药师因觉得郭靖是洪七公的弟子并打败了自己徒弟而觉得气愤，并出手攻击郭靖，但因黄蓉跳入太湖之中要挟而作罢。在郭靖和欧阳克来桃花岛上向黄蓉求婚，黄药师出了三道题目，郭靖经“北丐”洪七公和周伯通协助下赢得黄蓉。在临安府牛家村，黄药师从沙通天、彭连海、杨康等人手中救下了陆冠英、程瑶迦、傻姑。虽然饶过沙通天等人性命但逼迫他们从自己胯下钻过。
尹志平却宁死不从，辱骂黄药师，但黄药师因讨厌仁义礼法而放过他们。随后为互相只认识了先后两天的徒孙陆冠英和程瑶迦主婚。后来全真七子被裘千丈所骗误以为周伯通被黄药师所杀，因而在牛家村内与黄药师展开激烈交战，黄药师功夫着实了得，在“全真七子”的最大绝学“天罡北斗阵”之下，仍然能凭“桃华落英掌”掌法等高超武功以一敌七维持平手局面。
但欧阳锋突然出手所致谭处端被杀、梅超风受重伤。后江南七怪赶到，黄药师决心为梅超风报仇而准备杀死江南七怪。郭靖、黄蓉出现而作罢，并为受伤的郭靖治好了伤。随后得知了傻姑正是曲灵风之女，因而收下并传授武功。第二次华山论剑，黄药师的“桃华落英掌”至“奇门五转”多套掌法下，三百招内仍无法击倒郭靖，自认落败；后来逆练《九阴真经》的欧阳锋突然出现，黄药师运起“弹指神通”，哪知遭欧阳锋怪异无伦，一口咬住黄药师食指，无奈之下，连黄药师只得默认他“武功天下第一”。
郭靖、黄蓉参与华山论剑之后，由黄药师主持成婚，在桃花岛归隐，黄药师性情怪僻，不喜热闹，与女儿女婿同处数月，不觉厌烦起来，留下一封书信，要另寻清静之地闲居，径自飘然离岛。经过江南陆家庄时，黄药师使用“弹指神通”压倒性的力量轻松制服“赤练仙子”李莫愁，并破了她的“冰魄银针”，顺道救了程英，当关门弟子。后来程英、杨过、陆无双遭遇李莫愁，黄药师便帮助解围。
与杨过一见如故，并愿意收杨过为徒好让杨过与小龙女在一起，杨过不愿屈服于礼法。后来李莫愁说以多欺少，黄药师不愿与她相争，后来便传授杨过“弹指神通”后离去。在郭襄16岁生日之际，利用弹指神通打死霍都，并与杨过一同来到英雄大会比武台。随后杨过使用“黯然销魂掌”与黄药师一同赶跑彭连虎等人，并随后得知世上并无”南海神尼“。
蒙古大军围困襄阳、郭襄被金轮法王所抓，黄药师、一灯、周伯通相助郭靖黄蓉守城。黄药师摆下奇门术数二十八宿大阵与蒙古大军周旋，后来杨过赶到击败金轮法王射杀蒙哥，从而解了襄阳之围。后黄药师与众人准备去华山祭拜洪七公、欧阳锋，恰逢一群庸人争夺天下第一，赶跑他们之后黄药师等人重新确立天下五绝，黄药师仍为“东邪”。
在第一版中，《九阴真经》原为黄药师“赖以成艺”的武学奇书，自第二版开始已经删改。 在旧版《倚天屠龙记》中曾叙述，之后襄阳城破，郭襄遂前往桃花岛寻找外公黄药师，发现岛上空无一人，而那艘黄药师预备殉妻用的画舫也失去踪影，从此不再见到黄药师出现。自第二版开始已经删改。 第二版中的“落英神剑掌”，在第三版中称为“桃华落英掌”。
在新版的《射雕英雄传》中，加入了黄药师与徒儿的各种新关系。《二》西毒欧阳锋欧阳锋年轻与嫂子私通生下欧阳克，但却只让其叫他叔叔。第一次华山论剑，欧阳锋败给了王重阳，但也得到五绝之一”西毒"的称号。后来王重阳假装病死，引来欧阳锋前来抢夺“九阴真经”，王重阳突然从棺材跃出，以一阳指破掉了欧阳锋的蛤蟆功，使得欧阳锋退回西域，王重阳也在此之后逝去。
由于欧阳克希望和“东邪”之女黄蓉亲近，故以“东邪”拥有《九阴真经》一事引诱欧阳锋代其出头，欧阳锋陪同欧阳克到桃花岛上向黄药师提亲，黄药师也曾有意将黄蓉许给他的侄儿，但他在中原并无朋友，倒有很多仇敌；郭靖在鬼使神差之下通过黄药师三道题目，欧阳锋叔侄败兴而走。欧阳锋不肯死心，在船上要郭靖默写《九阴真经》，事败后，在遭烈焰焚烧的船上与“北丐”洪七公展开激烈交战，先是拳斗，后用兵器，在使出苦练多时的“灵蛇拳法”时，因洪七公早在江苏宝应刘氏宗祠曾看穿欧阳克的“灵蛇拳”，故失效用，在震惊下欧阳锋险遭船上火屑打中，虽然洪七公在海上曾对他援手相救，但欧阳锋竟反而用杖上的蛇下毒于洪七公，更使出“蛤蟆功”重创洪七公。
