魏文通之所以与秦琼有过节，还是源于秦琼的一次“欺骗”，这也让魏文通后来对秦琼耿耿于怀。话说在秦琼反出山东之时，面临着靠山王杨林的全力追击，为了摆脱杨林的大军，秦琼只有奔逃，而潼关却是拦在他们面前的一大关卡。潼关守将魏文通并非马虎之人，虽然他知晓秦琼是靠山王杨林新收的“十三太保”之一，未来肯定得到杨林的重用，但是依旧检查秦琼的令箭，不曾想秦琼的确拿有令箭，魏文通这才相信秦琼，让其通行，还给秦琼送上干粮。
等到杨林追赶过来，发现魏文通已然放走了秦琼，勃然大怒，直接将其绑了起来，而魏文通这才知晓自己被蒙在鼓里，对秦琼愤怒无比。毕竟魏文通也是一个直爽之人，他容不下被人戏耍。随后魏文通就主动请求前去抓拿秦琼，以求戴罪立功。二秦琼毕竟离去不久，很快被魏文通追上，而魏文通刀法精湛，绝非泛泛之辈，二人交手秦琼自然不是对手。
秦琼为了保命，就只有边战边退，一直退到黄河边上，这才遇到前来相救的单雄信徐茂公和王伯当。单雄信甚是威猛，可是一与魏文通交手也是难敌，实力差距摆在这里。幸亏王伯当也在，这才化解秦琼之危急。王伯当箭法如神，百步穿杨，在隋唐故事中是毋庸置疑的天下第一神箭手，这手神箭功夫也让他让诸多高手忌惮三分。眼见单雄信难以抵挡魏文通，秦琼走投无路，直接一箭射中魏文通的左臂又一箭射中他的右臂，魏文通惧怕王伯当神箭，只得就此作罢，随后退去。
整体而言，魏文通并非实力不及王伯当，只是明枪易躲，暗箭难防，魏文通在面对远程攻击时显得力不从心，可能这也是他最大的弱点，而这一弱点就在王伯当面前无限放大。这一次魏文通未能如愿抓到秦琼，也让他郁闷不已。这也是后来跟随杨林，决意踏破瓦岗寨的重要原因之一。后来，杨林摆下“一字长蛇阵”围攻瓦岗寨，魏文通本是杨林的得力干将，武力过人，就做了杨林的先锋，也有一方面的原因是他对秦琼的欺骗恨之入骨，只想着击垮瓦岗寨，从而报仇解恨。
三在隋唐英雄中，一直存着“宿命论”的暗示，正如李元霸之于宇文成都，罗成之于杨林，罗士信之于来护儿，而王伯当似乎也是魏文通命中注定跳不过的坎儿。就在这次围攻瓦岗寨的一战中，魏文通再次遇见王伯当。论刀枪实力，魏文通肯定在王伯当之上，可是王伯当百步穿杨的神技太过突出，致使他的刀枪之术反而被遮盖。在瓦岗寨一战，魏文通再次击败秦琼，而王伯当恰好归来遇见秦琼被杀的左支右绌，于是弯弓搭箭，一箭射向魏文通。
王伯当果然箭术神准，他的一箭直接射中魏文通的咽喉，花刀大将就此殒命。可以说，魏文通也是命中该有此劫，不然也不会恰好碰到归来的王伯当，魏文通遭遇飞来横祸致使十万大军被瓦岗寨俘虏，这一战的惨败也对后来杨林之败有一定的影响。秦琼眼见魏文通命丧战场，也是感慨，心知若非当初他放马通行，也就不可能有今日之命。然而战场无情，既然各为其主，就只能拼死相博。
单雄信被杀时，大骂结拜的秦琼等人，为何只喝了程咬金的送行酒？
瓦岗寨的兄弟们，曾经学习桃园三结义的情谊，结拜为兄弟。所以单雄信跟秦琼、程咬金等人的关系，其实还是非常不错的。可是后来瓦岗寨成了李密的天下，导致英雄们分道扬镳。其中单雄信投靠了王世充，而秦琼、程咬金等人则投靠了李世民。单雄信难道不知道王世充是个不可成大事的人吗？他当然也知道，但是他没有办法，他是不可能投降李世民的。
秦琼等人一直在央求单雄信跟着他们一起投降李世民，可是单雄信一口回绝了他们，因为单雄信跟李世民的老爸李渊可是有血海深仇的。单雄信的大哥就是被李渊给射死的，所以单雄信一直想要找李渊报仇雪恨，怎么可能会投降李渊呢？秦琼这些人明知道这一点，可是他们选择了李世民，也就等于是背叛了单雄信。这也是非常无奈的事情，毕竟跟前途比起来，好像兄弟情义不值一提。
为什么单雄信要在临死前大骂秦琼等人无情？秦琼是单雄信的好兄弟，两个人是有过命交情的，所以一直以来单雄信都非常相信秦琼。可是问题来了，瓦岗寨解体以后，他们却分道扬镳了。原因很简单，单雄信打死也不肯去投靠李渊，而秦琼和程咬金却觉得当时的诸侯当中，只有李渊是比较有机会一统天下的。这就造成了兄弟之间的第一次反目，单雄信是希望秦琼等人跟着他一起投靠王世充的。
