当时天下的权力集中于丞相府，丞相府最核心的权力在西曹，西曹的负责人成为天下瞩目的职位，人品、资历、能力必须一流，曹操选了又选，最后任命的西曹掾是崔琰，曹操让他以冀州别驾的身份兼任西曹掾，东曹掾任命的是曹操深为信任的毛玠。丞相府各曹之中西曹和东曹最先确定了机构和人员，其他各曹的人员安排也都是西曹先拿意见，最后由曹操拍板。
所以，在司马懿的任命上西曹的意见至关重要，崔琰虽然事先和事后都没有找自己说过什么，但司马懿能感觉出来他的厚爱，尽管不他属意文学掾这个职务，但仍然对老师的关照心存感激。除以上这三个部门外，丞相府里还设有户曹负责祭祀、农桑等事，奏曹负责管理政府的一切章奏，发展到后来就是唐代的枢密院和明代的通政司，词曹负责民事法律诉讼，法曹负责交通以及邮驿等事务，尉曹负责运输，发展到清代就成了漕运总督，贼曹负责侦办盗贼，决曹负责刑事审判，兵曹负责兵役，金曹负责管理货币、盐铁，仓曹负责管理国家粮库，还有一个黄曹，相当于丞相府里的机关事务管理局。
按旧制度丞相府的编制是三百八十二人，但如今的丞相府就是一个完整的政务院，从民政到经济、司法、文教，再到军事无所不管，这个编制哪能够用？邺县城内已经完工的府宅迅速被这些部门所占，有多少都不够。丞相府里还设有主簿，相当于丞相府办公厅主任，主簿之上有时还设长史，性质与主簿类似，但品秩和地位更高，相当于丞相府秘书长。
看来看去，司马懿发现别人都在务实，只有自己这个“文学曹”是在务虚。但司马懿不敢流露出半点不满足，而是很认真地开始了新工作，有了上次的教训，他知道有现在的机会已经很不容易，绝不可再任性乖张。上面还给司马懿配了个副职，职务是文学掾属，名叫杨修……司马懿怀着一腔热情是来实现理想抱负的，他已经三十多岁，不算年轻了，他要抓紧时间把毕生所学贡献给朝廷和丞相，但看来事与愿违，他却成了“机关干部”。
司马懿不打算做白领，也不打算做金领，但摆在眼前的将是冗长乏味的官场人行、职场人生，先不说乐意不乐意做，就说能不能做好，他自己都没了信心。多年来司马懿专攻军事、兵法，以及政治、地理等，他认为报效朝廷这些才是最需要的。虽然迄今为止他没有带兵打过仗，但他对那些有足够的自信，至少可以从一名称职的参谋做起，司马懿觉得他跟陈群互换一下最合适，他去当参丞相军事，让陈群来做文学掾……司马懿自己在城里也有了新住处，是一个叫吉羊里的地方，距办公的地方很近，走路只需一小会儿。
安顿下来，他就给家里写了信，向父亲报告这里的情况，然后让三弟司马孚护送嫂子到邺县来。司马懿倒不是离不开新婚不久的张春华，而是一种展示自己打算在这里安心干下去的姿态。张春华此时已有身孕，来邺县后不久，即生下了一个男孩儿，司马懿写信回温县，向父亲报告喜讯，并请父亲给他这个孙子起名，司马防高兴地为孙子起名“师”，待弱冠后又为其取字曰“子元”。
司马师，司马懿的长子，出生于汉献帝建安十三年（208年）。司马懿的大哥司马朗此时在外地任职，他最早担任司空府的掾属，相当于副司长，后来被派到下面当县长，先在成皋县，后来又到了堂阳县，在这些岗位上司马朗显示出治政的才能，他理政宽惠，不行鞭杖民众却很少有犯罪，深得民众爱戴。有一件事，说明司马朗民望之深。一次，上面安排司马朗治下一部分人移民到外地，后来县里接到造船任务，迁出去的人担心司马朗这边人手不够，竟自发地回来帮忙。
司马朗后来又到元城县任县令，这几个县离邺县都不远，有的就在魏郡。司马朗的经历有点像陈群，因为干得好被提拔到下面当县长，又因为干得好连续在多个地方任职，这样的任职轨迹可能与现在的情形有所不同。从现在看，副司长怎么也比在下面当县长位高权重，但在当时县长的地位要高于这些掾或掾属，而且它们之间还有一个本质区别：掾和掾属是吏，太守、县长是官。
吏不需要朝廷正式任命，由他们的长官直接聘任，而太守和县长这样的官员都是由朝廷直接任命的。因而，去年曹操北征乌桓期间召纳的幽州名士田畴，曹操本来任命他为司空府户曹掾，但见面深谈之后曹操为田畴的高义所动，又有感于田畴的名望，第二天便下令改任田畴为蓚县令，令文说：“田子泰非吾所宜吏者。”意思是田畴这样的大德之才我哪里配得上让他当我门下之吏。
