为了让盟军屈服，天皇让指挥官开着要塞找盟军寻仇，更重要的是要控制美国新闻界，在玄武要塞的火力下，指挥官杀上洛杉矶圣莫尼卡海滩，并驱逐盟军，控制其新闻界。但天皇的政策终于使得苏联和盟军这两个死对头走到了一起，他们联合对帝国发起了惊天一击。天皇在通过机械傀儡的美国总统偷听盟军领袖和一位苏联亡命到盟军的科学家的通信时得知，帝国的堀起只是苏联利用时间机器干涉历史所造成的错误时十分震惊，最终导致天皇丧失战意，并将权力交给了皇太子达郎。
起初帝国军面对盟军和苏联组成的联军毫无招架之力，但是指挥官利用百合子夺回基地，并联合帝国军队捣毁苏盟联军的基地，并阻止了盟军干扰作战控制连线的举动。苏盟联军被打退后，达郎决定彻底消灭苏联，指挥官的大军杀向莫斯科，将军刽子手再次登场，指挥官利用它砸烂了苏军防线并拆了克里姆林宫，苏联总理查丹科试图保住时间机器，于是用双刃直升机将其运走，不料指挥官早有防范，直升机被拦截并击落，随后，苏联彻底灭亡。
苏联毁灭后，盟军龟缩在阿姆斯特丹港，由于盟军最大的支持者未来科技公司在该处，帝国倾巢而出，准备歼灭盟军，在指挥官解除盟军的空中优势后，苏联博士泽林斯基带领硕果仅存的苏军前来帮助盟军，并用铁幕保护了未来科技公司总部，但指挥官仍然歼灭了盟军，并最后与泽林斯基的苏军决战，在决战后，苏联全军覆灭，未来科技公司大楼倒塌，盟军没落，帝国征服了全世界达成了“天命”，而指挥官则成为了终极将军（征夷大将军），并受到帝国情报官的爱慕。
红色警戒3：起义时刻前期剧情盟军在列宁格勒的决定性胜利，为欧亚大战划上了休止符。战争已经结束…但麻烦才刚刚开始。现在，胜败双方都在秘密图谋如何于新世界秩序中取得优势：盟军在前宿敌的协助下，试图摆平占领区内的狡猾敌人。盟军在俄国内地的非法行动，有可能重蹈俄军侵略行径的覆辙。被击败的帝国军队，在西方征服者的无意“协助”下，躲开了滨海的新威胁。
此外，在一座隐密的实验室里，帝国科学家将一名年轻的女学生变成某种人见人怕的玩意儿。就在这些新冲突席卷全球之际，有件事情变得十分明朗：战争尚未结束，只是型态改变。苏联剧情第一章 罗马尼亚“袭击亡堡”欧盟主席索恩利在新闻记者会上表示，随着苏联政府的瓦解，盟军已在与被排除人士分享自由市场的利益，而盟军的占领只会让过渡时期更顺利的度过。
他还表示，传言中的反抗事件并未发生，俄国人民展开双臂欢迎盟军，在谴责过去的领导人的同时尽享自由和机会。这一切都是谎言。玩家以地下军新成员与达夏取得联络，从达夏那玩家得知为针对盟军的抵抗活动已经就绪，但为我们研发新武器的苏联首席科学家却神秘失踪。而据侦察兵报告，罗马尼亚有一处受盟军兵力保护的研究设施。这个研究设施十分可疑，达夏指派玩家到当地进行调查。
与侦察兵会合后，果然让玩家找到了这三名失踪的科学家，而且我们得知了在此驻守的兵力并不属于盟军，而是属于未来科技的私人部队。随后，玩家带着这三名科学家安全撤离。第二章 摩尔曼斯克“入侵者的阴谋”据NEWS3报导，未来科技公司再度登上报纸头条——数百名激进分子在未来科技公司总部前抗议，未来科技的发言人凯莉·威弗为此针对西格玛协调器计划发表了声明。
另一方面，欧盟主席索恩利最近核准了未来科技耗资百万兆的一项合同，引发了更多的忧虑。镜头转到苏联地下军，达夏告诉了玩家未来科技绑架苏联科学家为他们研发武器的事情。我们已经发现了另一处研究设施的位置——俄国西北城市摩尔曼斯克。为保护我国人民，玩家前去进行侦察，结果发现未来科技竟然拿平民[1]做人体冷冻实验。
达夏拍案而起，盛怒之下派出一支基洛夫飞艇队伍意图把未来科技的研究设施全部炸掉，然而，这些基洛夫飞艇全数被冻住并随即坠入了大海。无奈之下，玩家带着侦察部队退回到一个前线基地并进行了反攻，尽管索恩利派出了军队支持，仍然无法阻碍此地未来科技研究设施全数被毁的事实。第三章 尤卡坦“更光明的未来”NEWS3报导了未来科技在北俄偏远的研究设施遭到攻击的消息，记者布兰达·斯诺前去采访索恩利试图问出未来科技在北俄进行着什么样的研究，然而索恩利只是保证会寻找出袭击研究设施的恐怖分子，并没有正面回答斯诺的问题，而斯诺的笑容似乎表示她意识到了索恩利在隐瞒些什么。
