他在对弟子武学的传授中，只保留了一些入门武功，以作保教护教之需，他所传与全真七子的“天罡北斗阵”正好就印证了他的这一想法。他不想弟子沉溺武功，希望他们能够精于道学，却又知道光大全真门楣必须有克敌御敌之法策相旁，因而未授七子最高深的“先天功”，而是因材施教传了七子这套阵法。此阵法御敌威力惊人，牛家村一战，对阵黄药师一天一夜都不落下风，全真七子凭此阵法也在江湖上享有声名。
这是王重阳的高明之处，但如此一来，他的一身高深武学却也失去了传承。即便是“天罡北斗阵”，在七子之一的潭处端被欧阳锋偷袭所杀之后，此阵法就再难以成阵了，全真第三代弟子也没再得到传承。而关于华山派等全真一教后世分支的创派，其实已算不得是全真教了，毕竟有了各自的教派之名，就像当年王重阳从道门分支里创出全真教是一个道理的。
第二个原因是王重阳禁止门下弟子修炼《九阴真经》，失去了一次让全真武学进阶的机会。第一次华山论剑，王重阳获得了“天下第一”的称号，也获得了《九阴真经》的归属权。不过让人出乎意料的是，王重阳为了表示自己夺经并非怀有私心，传命门下全真弟子不得修炼《九阴真经》里面的武功。王重阳这一做法，让全真教的武学错失了一个升华进阶的机会，也让全真教武学在日后的武林中江河日下。
事实上王重阳当年能获得天下第一，多少是占了便宜的。当时参与论剑的五人中，只有他年过五十，然后是四十左右的段智兴，其他人皆在三十岁左右。五绝中的武功除了王重阳，其他四绝修炼年短皆未大成，王重阳的内功修为更是完全压倒众人。因而王重阳在这次论剑中胜出并没有多大的含金量，王重阳的武学修为也并未达到至境，他破解林朝英的《玉女心经》，尚要借助《九阴真经》。
《九阴真经》这部武学宝典贯穿了整个“射雕三部曲”，对后世武学的影响也是有目共睹。王重阳之外的其他四绝，在后来都多少受到了《九阴真经》的帮助，让他们的武学境界得以进阶。郭靖因之少年武学大成，即使是只看不练的黄药师和周伯通，也因之自创出上乘武学，杨过也是在《九阴真经》的基础上才创出了“黯然销魂掌”。中原武学在“天龙时代”后经历的百年沉寂，实际上就是因为《九阴真经》的出现得以复兴。
王重阳自己看了一遍《九阴真经》之后，武学修为再次进阶，武理更为贯通。此时，倘若他将《九阴真经》至高的武学原理融入自己的全真武学，那全真武学便会破茧新生，进阶到一个更高的水平。可惜王重阳并没有让这一切发生，在他之后，当其他四绝在不同程度得益于《九阴真经》各自武功精进的时候，全真武学还在固步自封，以至于全真弟子的武功开始与顶级水平脱节，逐步跟不上中原武学一道的发展。
全真教错过的不止是自身武学提升的机会，更是错过了一个引领时代武学进步的先机。假如王重阳没有禁止门下弟子修炼《九阴真经》，也没有崇道抑武，全真派武学很大程度上不会出现一代不如一代的局面。第三个原因是全真教武学一道的没落是必然的，这与当时的时代大环境息息相关。很多读者肯定有过疑惑，在“射雕三部曲”前两部盛极一时的全真教到《倚天屠龙记》中却为何不见了踪影。
金老这么安排，实际上是有难言之隐。因为“射雕三部曲”里面展现的正面英雄都是有民族大义的，即使是行事偏激离经叛道的黄药师也最敬重忠臣孝子，坚守大节，而历史上全真一教却与此有些相背。在《射雕》里，无论是王重阳还是丘处机，皆是抗金的义士，在与外族入侵大宋的抗争中都贡献过自己的力量。不过在宋廷被蒙元灭掉之后，全真教却投靠了朝廷，成为元朝的国教，此后全真教历代掌教都拜封国师，统领天下道门。
其实这不能怪全真教，毕竟当时的蒙元虽是异族，但也是大统的一朝。实际上，全真教为蒙元朝廷所看重，是从丘处机时开始的，当年丘处机以苍生为念为见成吉思汗不远万里，一言止杀，挽救了一方生灵，免遭涂炭，成吉思汗将丘处机视为仙人，奉全真教为国教。到尹志平（不是小说中后来改为甄志丙的角色）掌教之后，全真教达到了鼎盛时期，此后一直备受朝廷尊崇。
很明显，这样的一个教派假如出现在“倚天时代”中，其身份和武林地位肯定是十分尴尬的，毕竟在当时的时代大环境中，江湖武林都将投靠朝廷的门派一律视为鹰犬走狗，与蒙元朝廷如此密切的全真教，注定了不能在小说里有表现出民族大义的大作为。金老非常清楚这一点，因此在“射雕三部曲”的最后一部中，把全真教隐去，将武林中道门一席的位置给了张三丰的武当，并提高了武当的地位，使之与少林并列为泰山北斗。
