元明时期称卫拉特或瓦剌，明朝称瓦剌，清朝称为厄鲁特。在铁木真在草原开始他的传奇之后，卫拉特部很识时务地归附了黄金家族，并且也一直忠于黄金家族，跟随着蒙古大军南征北战。直到明朝崛起，北元远遁，在明朝接连不断的北伐中备受打击，实力大损。元帝国一败再败，就连传国玉玺也被缴获，北元末帝坤帖木儿汗父子仅以身免，不久即被鞑靼贵族鬼力赤杀死，鬼力赤去故元号，自立为汗，称回鞑靼，北元作为一个政治实体从此再也不复存在。
北元灭亡后，卫拉特部也摆脱了鞑靼的统治，为了争夺霸权，与鞑靼互相攻杀，实力此消彼长，到了1433年，瓦剌部首领脱欢攻杀鞑靼首领阿鲁台，立拥有黄金家族血统的脱脱不花为大汗，自任太师，重新统一了蒙古高原，脱欢死后，其子也先继承太师之位，收服兀良哈三卫，扫荡建州女真，拉拢西北诸卫，到了1448年，瓦剌实际统治下的蒙古汗国已经控制了东起女真，西达哈密及其以西的裕勒都斯河流域，北抵叶尼塞河上游，南临长城的广袤地区，控制的地区甚至比明朝还要大，史称"漠北东西万里，无敢与之抗者"。
之后也先野心膨胀，对黄金家族的直系血脉进行大清洗，并自立为大汗，成为蒙古历史上第一位非黄金家族的可汗。之后也先变得昏庸无道，被部下所杀，瓦剌势力变弱。直到明朝末年，当时清朝还是东北一方政权，皇太极还没有入关，他打败了黄金家族最后一任大汗林丹汗，夺得了蒙古帝国世传玉玺，所以全蒙古尊奉大清皇帝为蒙古大汗,为此皇太极给自己起了天聪汗。
后来为了一心对付明朝，提出了满蒙一家， 所以从那时起，漠南漠北基本就承认他为共主，漠北虽然当时没有臣服可表面上会做文章，原因他也是达延汗的一份子，清朝皇帝的目标和他们一样，所以形式上臣服了。至于漠西，包括准噶尔，他们同样也表面臣服。到了康熙年间，准噶尔在其首领巴图尔珲台吉的领导下开始崛起，击败了原来的卫拉特盟主鄂齐尔图汗，逐步控制了卫拉特诸部，把松散的卫拉特联盟变成了准噶尔汗国。
事实证明，绰罗斯家族还是人才辈出的，前有推翻黄金家族的也先，后有野心勃勃的噶尔丹。在清朝时期，为了继续笼络蒙古诸部，清朝政府认可其传统，非黄金家族擅自称汗者不得入贡。噶尔丹出自卫拉特的绰罗斯姓，虽然他拥有大汗的实际权力，但从血统上来说，他没有资格称汗。噶尔丹称汗后，上疏要求清廷确认其汗号，理藩院以卫拉特部称汗者不得入贡的先例为辞，指责噶尔丹"擅称汗号"，但为了笼络噶尔丹，并没有采取进一步的措施，而且还准许他纳贡。
所以两者是相互利用的关系，但是准噶尔汗国还是清朝属国。噶尔丹取得准噶尔的统治权后，一反其父兄抗击外来侵略、捍卫民族主权的立场，而逐渐走上与沙俄相勾结的道路。噶尔丹在沙俄的挑唆和指使下，开始把注意力转向东方，把矛头指向喀尔喀蒙古地区。1688年，正当蒙古族人民英勇抗击戈洛文率领的沙俄侵略军，打得俄军丢盔卸甲、抱头鼠窜之时，噶尔丹竟丧心病狂地突然率兵越过杭爱山，大举进攻土谢图汗，从背后向喀尔喀蒙古军民施放暗箭，迫使喀尔喀蒙古诸部南迁。
1690年6月，噶尔丹以为有俄国的支持，有恃无恐，以追击喀尔喀为名，又向漠南喀尔喀蒙古进攻，俘掠人口，抢劫牲畜。他还公然向康熙帝提出"圣上君南方，我长北方"的分裂主义要求，而此时他已经打到了距离北京直线距离二三百公里的地方。噶尔丹此举已经是路人皆知的反叛之举，并且对宗主国大清帝国的统治已经造成了严重的威胁。
事情都已经发展到了这个地步，煌煌大清帝国，万朝景仰的"天朝上国"，能忍吗?当然不能忍。借着几位喀尔喀汗的请求，康熙帝发兵准格尔汗国，并在张家口和库伦之间的乌兰布通大破准噶尔，之后重新控制了喀尔喀的控制权。但事情还没有完，准噶尔汗国在葛尔丹的带领下，又和康熙交战两次，最后噶尔丹战败病逝，清廷开始挑拨准噶尔内部矛盾，然后削弱准噶尔实力。
可以说在这个阶段，大清并没想吃掉准噶尔，只是希望它威胁不到自己。但是当策妄阿拉布坦解决了内部矛盾之后，又开始公然反清。1717年， 准噶尔大军洗劫了拉萨，次年清军入藏作战,并于1720年将准噶尔赶出了西藏。1724年，准噶尔和大清议和，但随后在1727年又再次搞事情，驱大军吞并了吐鲁番。在雍正时期，准噶尔的兵势之大曾一度压倒清军。
