无论是关于物质构成的恩培多克勒的“四根说”还是阿拉克萨哥那的“种子说”以及德莫克里特的“原子论”学说，都把对世界本原的认识后来转移到对物质结构的认识层面上。后期的“原子论”的思想已经接近近代化学原子论的基本思想,近代化学原子论的创立者道尔顿承认他的原子论得益于德莫克里特的“原子论”思想,大科学家牛顿也认为古代“原子论”对它的科学研究影响很大。
这是因为从整体论到单元个体论，不仅仅是认识层次的变化,同时也是认识方法的变化。如果说整体论采用的是综合法,那么“原子论”用的就是分析法。而近代科学总体采用的研究方法就是分析法或分解法。比如研究对象从单个物质进入到单个分子,从单个分子又进入到单个原子,从单个原子又进入到原子核,从原子核又到基本粒子(质子、中子、电子),现在人们已经认识到夸克层子水平上了。
认识层次的逐渐分化是近代科学的一大特点,而这个思想最初来源于古希腊的原子论,没有原子论也就没有今天的各种学科。（2）中国古代哲学的特点：中国古代哲学是带有浓郁思辨性质的自然观。如”阴阳说“主张阴阳和谐是一切事物运动变化的内在原因；“五行说”则认为万物由金、木、水、火、土五种物质元素组成,元素之间“相邻相生，相间相克”；柳宗元的“元气说”认为万物都由阴阳二气相互作用而成，气“自动自休，自峙自流”是一切运动变化的原因，张载认为“凡象，皆气也”，并提出“一物两体”“不有两，则无一”的矛盾论观点；王夫之的“方动方静，方静旋动，静即含动，动不舍静”理论阐述了动与静的辩证关系。
总之，我国古代自然观更多讨论的是世界的本原问题和对运动规律的思辩解说，纯粹是各家的主观臆测。对事物的认识是从整体角度考虑的，注重的是辨证统一。对问题的讨论也只是泛泛而谈，不作深究。由于思维方式的差异，在那时不可能出现象古希腊“原子论”那样的思想，而且这些辩证思想与我国古代自然科学没有多大的联系,在自然科学的发展中没有起多大作用，只有中医学是个例外．2．数学方面的比较古希腊人喜爱几何，注重数学推理和证明．许多哲学家同时也是大数学家，他们崇拜数学，尤以柏拉图为最．他曾在他创办的“柏拉图学院” 门口写有“不懂数学者不准入内”的牌子．到了后期，欧几里德将所有几何命题通过一组公设推导出来。
他的《几何原本》把古希腊数学推向理论最高峰，开创了公理化方法的先河，使数学理论首先达到体系化，这在当时是绝无仅有的．在古代中国，数学基本上是一门实用性科学，学科的发展随生产实际的需要而变化，多为条块分割型的，而且集中在代数领域；而在古希腊,数学不但着重于向理论方向发展，遵循严密的逻辑形式，而且创建了一些研究数学理论的基本方法，如归谬法、归纳法、演绎法、公理化法等。
而中国古代数学在这方面却是个空白，虽然中国古代数学成就不斐，但偏重于代数运算，算法很高明，却没有形成一套理论体系，知识比较零散，各部分关联性差，没有形成体系,而且还集中在代数领域,几何方面似乎羞于启齿,即使计算结果的精确度异常的高。如祖冲之把圆周率推算到3.＜π
