就连师政委黄克诚都对他称赞不已，并且还主动做了他的入党推荐人。1934年10月，第五次反围剿失败，中苏区大部分地区都落入国民党军队手中。为了保存军队实力和重开革命局面，中共中央提出了战略转移。于是各地红军相继长征，孔宪权所在的红三军团也在其列。1935年，红军队伍在渡过赤水后，考虑到国民党军队穷追不舍，且敌我武力悬殊。
根据毛泽东提出了的游击运动战的战略，纷纷压缩军队，红三军团把4个师缩为4个团，孔宪权被任命为12团作战参谋长。在经过贵州军阀王家烈的地界时，为了能摆脱敌人，毛泽东提出“先夺娄山关，再攻遵义城”的计划。毛泽东之所以如此考虑，一是因为地方军阀虽然听从国民党的调兵遣将，但他们为了保存实力，并不愿意拿十分的力来围剿红军。
二是因为王家烈是个享乐军阀，他的队伍军纪涣散，且都是“左手步枪，右手烟枪”的“双枪兵”。尽管他们人数不少，但是战斗力不强。三是因为娄山关有“贵州第一雄关”的名号，这里地势险要，自古就是兵家争夺之地。如果打通了这个通道，红军不仅能甩掉后面紧追不舍的敌人，而且还为攻打遵义制造了有利条件。（娄山关战斗纪念碑）因此，娄山关战役必须打。
孔宪权所在的12团作为先锋团先一步赶到娄山关，向王家烈的黔军发起了进攻。让他们没想到的是，王家烈的黔军火力异常勇猛。原来，就在王家烈率军来围剿红军时，蒋中正让国民党将领薛岳率领中央军进驻了贵州城。也就是说王家烈要是不打赢这场仗，薛岳就要鸠占鹊巢了。王家烈当然不甘心，所以他把所有的精兵强将都派到了娄山关，并利用有利地形，死守关口。
因而红军在这一战役中打得异常惨烈。他们冒着枪林弹雨，不断往前冲。子弹用完了，就上刺刀肉搏。刺刀钝了，就用石头砸。最终，红军打跑了敌人，夺取了娄山关。不过在这场惨烈的战斗中，红军也伤亡惨重。孔宪权这次就受了重伤，他的胯骨中了敌人6发步枪子弹。他在受伤后还不顾巨痛，滚到水沟中又打死了几个敌人。孔宪权是被人从战场上抬下山来的。
在夺取遵义后，他被人用担架抬到了老教堂里，和许多伤兵挤在了一起。由于没有麻醉药，医生在给孔宪权取子弹和胯骨碎片时，都只能把他的四肢绑在担架上，并在他的嘴里塞上毛巾。手术过程中，孔宪权痛得满头大汗，但他却始终紧咬牙关，不吭一声。旁边的小护士一边给他擦汗，一边对他说，如果太痛，你就大声喊，这样你的疼痛会缓解一点。
但孔宪权始终没出一声。手术完成后，医生都对他异于常人的耐受力钦佩至极。3月29日，红军准备继续北进。考虑到重伤员随军不便，经过党组织的讨论，决定把他们就地安置，让他们能好好养伤。由于革命尚未成功，红军在攻克遵义后，继续踏上了长征之路。考虑到重伤病员随军不便的情况，党组织决定把他们就地安置。孔宪权由于胯骨被打碎，手术后又因缺医少药，伤口一直得不到痊愈。
所以他被组织留了下来。（红军雕塑）考虑到孔宪权级别比较高，又在娄山关战役中立有战功，所以组织给他留下了300块银元作为他疗伤期间的补贴。当然，这个待遇已经是团级以上干部才能享受到的待遇了。要知道，一般的伤兵留在地方养伤，也才15块到20块银元不等。除此外，组织还专门留下一名医生和一名通讯员给他，希望他能早些康复并赶上队伍。
接待孔宪权的是一个叫宋少前的地主。红军在把孔宪权送到宋少前家时，特意叮嘱宋少前，要他一定要好好关照孔宪权。宋少前由于前期受过军阀欺压，因此对红军很有好感，冒着危险把孔宪权保护了起来。孔宪权完全康复，已经是一年以后的事情。不过他被打碎胯骨的左腿比右腿短了10厘米，走起路来一瘸一拐，再也没有以前风风火火的劲头了。
让孔宪权最着急的是，由于康复的时间比较长，再加上通讯落后，因此他在养病期间就已经和队伍失去了联系。这也就意味着，他就算想要去追队伍，也不知道往哪里去追。无奈之下，孔宪权决定就在遵义一带做零工谋生，并等待红军。他先做过卖货郎，每天挑着担子走村串户，卖点针线之类糊口。后来他又转行做起了泥瓦匠，时间一长，人们都叫他“跛子瓦匠”。
遵义毕竟是革命根据地，老百姓得知道孔宪权是红军后，对他的感情非常深。他穿过的旧衣、破草鞋等都成了大家争相来讨的好东西。原来大家把他看作了“红军活菩萨”，认为他用过的旧物能包治百病。所以家里有人生病，就会有人来讨要他穿过的旧物。他们讨回去后，就把草鞋这样的旧物烧成灰，化在水里，让病人吞服。就这样，孔宪权一直呆在遵义，直到新中国成立。
他在高兴之余才断了要寻找队伍的想法，准备安安心心做个泥瓦匠度过残生。不过，一份报纸的出现，让孔宪权的命运，再次发生了转机。原来，那份报纸上刊登了贵州省军分区司令杨勇和政委苏振华的名字。这两个人以前都是孔宪权的领导。所以孔宪权一看到这条消息，就特别激动地给他们写了封信。杨勇和苏振华在收到信后，高兴坏了。
因为长征路上死了不少同志，他们虽然知道孔宪权被留在地方上养病，但从那一别后，就再也没有消息。因此他们都以为孔宪权已经死了。很快他们就给孔宪权回了信，并把黄克诚的地址给了孔宪权。于是，孔宪权便给已经是中国人民解放军总参谋长的黄克诚写了一封信，希望组织能恢复他的党员身份。同时还提了一个小小的要求，就是他虽然身有残疾，但他很想为党和国家，做点力所能及的事情。
（孔宪权照片）黄克诚收信后，亦是惊喜交加，马上把他的信转给了中共遵义地委，并且再次为他出具了书面材料，证明了他的身份。中共遵义地委的工作人员得知孔宪权是老红军，亦不敢怠慢，马上到遵义去了解孔宪权在离开部队后的情况。摸清孔宪权在解放前一直都是做泥瓦匠，没有干过对不起党和人民的事情后，便给他恢复了党籍，还把他安排到第七区出任区长。
1952年，组织准备把当时召开遵义会议的住宅设为遵义纪念馆。由于孔宪权参与过娄山关战役，是那段历史的见证人，因此组织便委派他来筹建纪念馆。孔宪权也很能吃苦，他不仅积极收集红军在贵州一带留下的文物和资料，而且他还对当年开会的住宅进行了修缮和养护。遵义会议纪念馆开放后，孔宪权便成了该馆的馆长。他这个馆长可辛苦了，他既要给参观者讲述当年的事情，又要到红军走过的地方拍资料照片和收集资料等。
因此，纪念馆内的藏品越来越丰富。孔宪权对每一件文物都如数家珍，对它们背后的故事更是了如指掌。后来，邓小平来参观纪念馆后，还连连称赞孔宪权的确是最合适的馆长。1988年11月，年迈的孔宪权因病入院，由于病情严重，他也知道自己时日不多。不过他躺在病床上却十分安详，因为在他看来，尽管中间和红军断了联系，但是在解放后，还能为建设祖国添砖加瓦，这已经让他感到很欣慰了。
