鼎盛期的内阁，特别是内阁首辅，权力过重，给明朝高层权力运作带来新的矛盾，这些矛盾决定了内阁权力必然要走向下坡路。明初本来已经消弭的皇权与相权的矛盾又有复张的兆头，《天府广记》引明朝人何良俊的话说：“夫威权日盛，则谤议日积；谤议日积，则祸患日深。故自世宗以来，宰相未有能保全身名而去者。”何良俊讲的“宰相”，就是指内阁首辅。
杨廷和、张璁被迫去职。夏言竟然被杀于西市。严嵩罢官后被抄家。高拱被轰赶狼狈离朝。张居正死后被籍没。总之，前一阶段权力过大的首辅几乎下场都很凄惨。而且，内阁内部争夺首辅地位的明争暗斗日益突出，阁臣之间钩心斗角，相互倾轧。天启二年(1622年)，任兵部尚书兼东阁大学士。万历中期开始的东林党议，与皇权和阁权的关系，以及阁权之争、阁部之争密切相关。
明朝的内阁制是不是君主立宪？
明朝的内阁制跟君主立宪一点关系都没有，明朝的内阁制不但不是君主立宪制的产物，反而是专制君主制下的怪胎。明朝后期文官的流氓化并不能证明明朝的君主已经丧失了权力，个别君主的软弱无能并不代表在这个制度下，君主真的成为了毫无权力的国家象征。君主立宪制，在政治学中，是资产阶级国家的一种政体，这种政体的特点是君主仅仅是国家的虚位元首，是国家的象征但不掌握实际的政治权力。
治理国家的内阁由议会产生并对议会负责，而议会则由选民选举产生，换句话说，君主立宪制下的内阁是对议会和选民负责的，而明朝的内阁则只是对皇帝负责，权力主体完全不一样。（君主立宪制制下的内阁对议会负责，而非君主）目前的英国就是实行的君主立宪制，人民先用选举的方式选出议会，议会中的多数党在组成内阁，多数党的党魁成为首相，在一切都尘埃落定后，首相才回去觐见女王，虽然女王名义上有拒绝的权力，但是在实际操作中从未发生过。
伊丽莎白女王二世所做的仅仅是接受人民的选择并履行仪式，他个人对首相的看法无足轻重。反观明朝，内阁完全由皇帝任免，对皇帝负责，皇帝可以随时罢黜内阁成员，比如明末的崇祯帝，就是将内阁首辅像走马灯一样的更换，崇祯皇帝的权力无疑要远大于君主立宪制下的君主。实际上，明朝的君主权力不但没有变小反而是更大了，在以前，还有宰相牵制皇权，宰相可以代替皇帝进行决策，皇帝要想更换宰相也要与大臣商议。
到朱元璋废除宰相后，文官集团的势力大幅减弱，到了朱棣，虽然设立了内阁予以弥补，但是内阁首辅的权力远小于宰相，其作用更多是咨询而非决策，除了张居正这种特例，别的内阁首辅只需皇帝一张纸条就可以罢免。此外，内阁还受司礼监的牵制，皇帝在文官和太监中周旋，通过政治斗争、挑拨离间的方式巩固自己的皇权。明朝的种种现象，不但不是君主立宪制的特征，反而是地地道道的专制君主制。
之所以明朝内阁制会给人君主立宪制的错觉，无非是很多人认为明朝末年，文官们总是欺负皇帝，皇帝不敢处罚，由此断定皇帝已经丧失了权力，这是完全错误的。皇帝有没有权力要看法律如何规定，而不是看皇帝的实际表现，如果皇帝是个低能儿弱智，那么它计算大权独揽也毫无意义。实际上各国的末代君主都是软弱可欺的怂包，无论是路易十六、尼古拉二世还是末代皇帝溥仪，南唐后主李煜，他们都被臣子玩弄欺骗，但你能因此就说他们的国家都是君主立宪制吗？（溥仪在弱也不代表大清是君主立宪制）核心的区别在于在君主立宪制下，你这个皇帝就算再精明强悍也不能影响议会，也不能干涉立法，你的才干高低并不能影响政局分毫。
明朝的内阁制真的不会制约皇权吗？
朱元璋建立明朝以后，为了强化封建专制主义，加强中央集权，对中央和地方封建官僚机构，进行了一系列的改革。官制制度:在中央，明初设中书省，置丞相，统率百官，总理政务。大都督府管军事，都察院与大理寺掌纠察、刑法。1380年（洪武十三年），朱元璋杀掉丞相胡惟庸之后，即废除中书省，不再设丞相，而以史、户、礼、兵、刑、工六部分别掌管全国政务。
军事上，帮都督府为五，管理卫所负责军队训练与管理。有战事则由兵部征调，派将军统领出征；事完后则上所佩将印还于朝，而官军则各散归本卫。司法上，由都察院司纠劾，刑部掌刑狱，大理寺主审查。 有大狱则由三法司共同审处。这样，朝廷的行政、军事与司法大权被分割而隶属于几个独立的机关分掌，以互相牵制，防止专权。这些机构的官员都直接向皇帝负责，重大事件，必须报请皇帝批准才能实行。
