万历三年(1575)春正月初七，祭献太庙。二月初九，祭祀大社大稷。十二日，诏令南京职务应精简为宜，官吏不得虚占其位以充数。二十七日，开始命日讲官分别记注起居，纂辑章奏，临朝值班。 夏四月初一，日食，为日全食。初四，翊钧书写谨天戒、任贤能、亲贤臣、远嬖佞、明赏罚、谨出入、慎起居、节饮食、收放心、存敬畏、纳忠言、节财用十二事置于座右侧，以期自警。
五月初三，淮、扬发生大水灾，于是他诏令审察二府官吏，罢免了有贪污等老毛病的官员。六月初一，浙江海潮泛滥。十一日，命抚、按官员，官吏是否贤能一并举荐和弹劾，不得偏重甲科进士。当年夏天，苏、松、常、镇普发大水。 秋八月十一日，礼部侍郎张四维被升为礼部尚书兼任东阁大学士，参与机要事务。十二日，黄河在高邮、砀山决口。
二十三日，朝廷免除淮、扬、凤、徐等发生水灾之地的田租。九月二十三日，京师发生地震。 冬十月初三，京师再次地震，命群臣修身反省。初四，中止行刑。十一月十一日，朱翊钧在京城南郊祭天。十二月初七，朱翊钧又诏谕免去第二年元夕灯火。这一年，有安南、琉球、暹罗、土鲁番前来朝贡。 万历四年(1576)春正月二十三日，辽东巡按御史刘台因谈论张居正被逮捕入狱，削除官籍。
夏五月十六日，祭祀地于北郊。六月十九日，又遣内臣监督苏、杭织造。 秋七月初六，朱翊钧诏谕吏、户二部清理吏治，并分别免除所欠赋税，折十分之三成收取明年漕运粮。十一日，又派遣御史督修江、浙水利。十三日，兴修泗州祖陵。二十日，完成草湾黄河工程。八月初二，祭奠先师孔子。当年秋天，黄河在崔镇决口。 冬十月十四日，赈济徐州及丰、沛、睢宁、金乡、鱼台、单、曹七县水灾，免除不同数量的田租。
这一年，有安南、琉球、乌斯藏、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密前来朝贡。 万历五年(1577)春正月二十一日，朱翊钧诏令凤阳、淮安大力号召垦田。二月初七，赈济广西饥荒。三月十八日，赐予沈懋学等为进士及第以及其他不同的出身。 夏五月初六，广东罗旁瑶被平定。 秋八月初八，黄河又在崔镇决口。闰八月初一，日食，因阴云而未见。
九月初二，重新起用张居正。 冬十月二十二日，因谈论张居正因父丧事而穿素服办公、不参加吉礼一事，编修吴中行、检讨赵三贤、员外郎艾穆、主事沈思孝等皆受杖刑，并分别被罢免和废黜，甚至遭到贬谪和戍边。二十四日，进士邹元标被杖击，进而将其戍边。十一月初一，朝廷以星位变化考察百官。当年，有琉球前来朝贡。 万历六年(1578)春正月，朝廷征集民工修筑黄河缺口堤岸。
二月十七日，免除兖、青、登、莱所辖地区的拖欠赋税。十九日，册立王氏为皇后。三月初三，礼部尚书马自强兼任文渊阁大学士，吏部侍郎申时行兼任东阁大学士，参与机要事务。十三日，张居正因安葬父亲而还乡。 夏四月十四日，免除湖广、四川所欠的赋税。二十五日，朱翊钧诏谕户部每年增收金花银二十万两。六月十五日，张居正回京师。
秋七月初六，吕调阳辞官。二十七日，朝廷诏谕江北各府百姓，十五岁以上而无田者，官府供给其一头牛和五十亩田，开垦三年后开始征收赋税。九月二十二日，又诏谕苏州诸府开垦荒田，六年之后起科。二十三日，中止行刑。 冬十月十四日，马自强死去。十一月十四日，祭祀天于南郊。这一年，有乌斯藏前来朝贡。 万历七年(1579)春正月二十二日，朱翊钧下诏捣毁天下书院。
二月十四日，派人分头巡视边防。三月十九日，朝廷免除淮、扬拖欠赋税。 夏五月十九日，祭祀地于北郊。六月十七日，核查两畿、山东、陕西等地勋官、皇戚的田赋。 秋七月初八，赈济苏、松水灾，免除其税粮。十四日，京师发生地震。这一年，有乌斯藏前来朝贡。 万历八年(1580)春二月初一，有日食。十八日，耕种謖田。
二十八日，完成黄河决口工程。三月十二日，侍奉两宫皇太后到天寿山谒陵，免除所过地方的田租。十五日，回宫。二十八日，赐予张懋修等人为进士及第以及其他不同的出身。 夏闰四月二十二日，官军平定广西八寨贼寇。 冬十月初五，淘汰宫内宫外冗官。初九，赈济苏、松、常、镇饥荒。十一月初十，下诏丈量百姓田地。这年，有琉球前来朝贡。
