万历九年(1581)春正月初五，诏令边臣备警。初六，裁减诸司冗员。初八，土蛮进犯锦州，游击周之望败死。十四日，朱翊钧诏命翰林官每天四人入阁供职。十六日，裁减南京冗官。十九日，辽东总兵官李成梁在袄郎兔击败土蛮。三月初三，隆重检阅军队。当月，土蛮进犯辽阳，副总兵曹..领兵抵抗，战败。 夏四月初四，赈济山西发生灾害的州县。
二十二日，赈济苏、松、淮、凤、徐、宿灾害。户部呈上《万历会计录》。 秋八月十六日，扬州发大水。九月二十六日，中止行刑。 冬十月初八，土蛮进犯广宁、义州，李成梁将其击退。十一月二十六日，赈济真定、顺德、广平灾害，免除税粮。当年，裁减各省冗官，核查徭役赋税，淘汰诸司冒滥冗费。有琉球、安南、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏前来朝贡。
万历十年(1582)春二月初四，顺义王俺答死去。初八，免去天下历年拖欠的赋税。三月初二，杭州发生兵变，巡抚吴善言被抓。初九，兵部侍郎张佳胤巡抚浙江讨伐叛军，继而予以平定。十八日，泰宁卫部长速把亥进犯义州，李成梁将其击败。二十一日，倭寇侵犯温州。 夏四月初一，朱翊钧告谕礼部，要倡导百姓及时耕种农桑，不要游手好闲。
初七，宁夏土军马景杀害参将许汝继，巡抚都御史晋应槐领兵对其讨伐并诛杀了他。十三日，由于久旱不雨，命令百官修身反省。五月初三，或多或少地免除了先师孔子和宋儒朱熹、李侗、罗从彦、蔡沈、胡安国、游酢、真德秀、刘子..、已故大学士杨荣等人后裔的赋税徭役。二十三日，赈济京畿饥荒。六月初一，有日食。十六日，赈济太原、平阳、潞安饥荒。
十九日，前礼部尚书潘晟兼任武英殿大学士，吏部侍郎余有丁担任礼部尚书兼文渊阁大学士，参与机要事务。不久，潘晟又被罢免。二十日，张居正死去。 秋七月十五日，赈济平、庆、延、临、巩饥荒。九月初一，朱翊钧因得皇长子而颁诏大赦天下。初九，上两宫皇太后徽号。 冬十月十二日，苏、松发大水，朝廷采取了免赋和赈济的措施。
十二月八日，太监冯保被贬为奉御，全家削去官籍。十八日，恢复建言诸臣职务。当年，又免除京畿内、山西受灾害之地的税粮。哈密、乌斯藏曾来京朝贡。 万历十一年(1583)春正月初八，命令严加防范边疆。闰二月十一日，俺答之子乞庆哈世袭顺义王封号。缅甸侵犯永昌。十二日，朱翊钧到天寿山进谒九陵，免除路过之地的田租。
十七日，又到西山进谒恭让章皇后、景皇帝之陵。十八日回宫。乙酉日，赈济临、巩、平、延、庆五府旱灾，免除其田租。三月初二追削张居正的官级。十八日，赐予朱国祚等人为进士及第和其他不同的出身。 夏四月初六，张四维因父丧离职。初八，吏部侍郎许国担任礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。二十三日，承天普降大雨，长江水势泛滥。
同月，广东罗定发生兵变。五月，大清太祖高皇帝起兵征伐尼堪外兰，攻克图伦城。六月十五日，赈济承天、汉阳、郧阳、襄阳灾害。 秋八月初七，免除山西受灾地区的税粮。九月初六日，朱翊钧到天寿山拜谒祖陵，十一日回宫。 冬十月十五日，中止行刑。二十三日，河南发生水灾，分别予以免租和赈济。十一月初一，有日食。十二月二十二日，慈庆宫受灾，诏谕修身反省。
当年，有琉球前来朝贡。 万历十二年(1584)春二月二十日，京师地震。二十二日，释放建文诸臣外亲遭贬及戍边者的后裔。三月二十二日，减少江西瓷器的烧造。 夏四月初九，查抄张居正家。十一日，游击将军刘纟廷讨伐平定陇川贼寇。五月十九日，京师地震。六月初六，以云南用兵为由，免去税粮及拖欠赋役。 秋八月十三日，将张居正之罪张榜公布于天下，并将其家属戍边。
九月十三日，事奉两宫皇太后到天寿山拜谒皇陵。十六日，建造寿宫。二十一日，返回宫中。 冬十月十五日，中止行刑。二十四日，免除湖广、山东受灾地方的税粮。十一月十六日，余有丁死去。十二月初二，前礼部侍郎王锡爵担任礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，参与机要事务。二十二日，停止开采银矿。这一年有安南、乌斯藏入朝进贡。
万历十三年(1585)春正月十九日，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。二月初六日，南京发生地震。京师自去年八月以来没有降雨。三十日，举行盛大祈雨祭祀。三月十三日，再次隆重举行祈雨祭祀。十八日，李成梁出塞袭击把兔儿炒花，取得大胜。二十一日，减少杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水田。 夏四月初五，举行盛大祈雨祭祀。
