朱三太子从某种意义上是当时民间的抗清势力为了唤起人们对于明朝的同情心而打出的旗号。清朝康熙年间出过多次以朱三太子为名义的闹事。而真正意义上的是在康熙四十七年被清朝政府所抓捕的朱慈炤。他是崇祯皇帝的四皇子，崇祯帝有子七人，其中二子、五子、六子、七子幼年早殇。崇祯末年只剩长子，即太子朱慈烺；三子定王朱慈炯；四子永王朱慈炤。
其中第三子朱慈炯下落不明，而人们常说的第四子就是朱慈炤就是人们口中的“朱三太子”。为什么呢？在康熙四十五年的时候当时的江南地区有人打着“朱三太子”的旗号要造反，主要是张念一等人，但是最后被擒获，他们供出明朝崇祯帝还有皇子活在世上的消息。清朝皇帝康熙帝听说之后，立刻派使者前去查访，顺藤摸瓜在两年后的康熙四十七年山东找到了一个王士元的老头子，王士元有两个老婆，二个儿子，三个女儿，一个儿媳，清廷的军队来到王士元的家里时，只有王士元和一个儿子还在，其他的人都上吊自尽。
王士元被逮捕之后带到了北京，在清朝政府的审讯下，王士元交代了自己的一生，他就是崇祯皇帝的第四子朱慈炤。在崇祯帝自缢之后，当时年仅十二三岁的朱慈炤和太子朱慈烺，三子定王朱慈炯躲入了公卿大臣家里，而后李自成入京，外戚周奎献出了这几个年幼的皇子，自此他们被李自成俘虏，李自成倒是没有虐待他们。此后吴三桂勾引清兵入关，李自成被吴三桂和多尔衮大败，撤离京师准备带走了三个皇子，此后三个皇子失踪，太子朱慈烺进入周奎家中，被周奎出卖给多尔衮，多尔衮以朱慈烺是假太子为由杀死朱慈烺。
朱慈炯在李自成军中不知所终，朱慈炤则是在李自成的军中逃出流落到了南方，在凤阳遇到了一个王姓的乡绅，王姓乡绅收留了他，给他取名叫做王士元，王姓乡绅去世后，朱慈炤再次流浪，在浙江余姚被一名前明朝的胡姓官员收留，并且把女儿嫁给了他。朱慈炤从此在此生活，并且一直以王士元的名义行事。康熙三十八年，康熙帝祭拜明太祖朱元璋的明孝陵，还表示要找一个明朝后裔来管理明孝陵。
这个时候朱慈炤放松了警惕，他以为清朝政府真的要宽待明朝皇室后裔，所以某次不小心泄露了自己的秘密。于是有人打着他的旗号起义，最终朱慈炤被抓捕，他在狱中说：自己改名易姓，一生四处奔波，只是为了能够活下去而已，当年清朝刚刚入关，四处有人反抗，自己没有造反。现在七十多岁，而且要造反需要囤积粮草，占据城池，招揽兵马，自己一样没有，如何会造反。
