这也是乡镇卫生院院长较之于其他乡镇事业站所为数不多的优势。以普通县区乡镇为例，乡镇基层事业站所一般是股级架构，也就是行政级别是科员，比如规建所、农技站、水利站等都是股级单位，其所长或站长理所当然为股级干部，即科员。不过因为事业单位可以“双肩挑”，乡镇卫生院院长人在管理岗，也可以通过职称评聘享受职称待遇，现实中很多乡镇卫生院院长走的是职称路线，工资待遇其实比一般的乡镇站所所长待遇要高。
乡镇卫生院是公益一类还是二类？
对于公益类事业单位，很多人混淆不清，这里小公再解释一下。所谓公益一类事业单位，主要是指从事公共安全、教育、文化、卫生、经济社会秩序和公民基本社会权利的公益服务，不能或不宜由市场配置资源的事业单位。比如图书馆、博物馆、水文站等。而公益二类，主要是指面向社会提供公共服务，可部分由市场配置资源的事业单位，比如各类职业中学、技校、基层卫生站等。
从这个概念来分析，乡镇卫生院是当然的公益一类事业单位，未来的事业单位改革，亦会保持现状。公益一类和公益二类最大的本质区别在于财政供给，公益一类由于不能或不宜进行经营活动，基本上是财政全额拨款，而公益二类则多数为差额拨款单位。所以区分公益一类还是二类，也可以从工资的核发来判断，如果是全额财政，肯定是公益一类，如果不是，基本就是二类了。
事实上，现状也注定了乡镇卫生院的公益一类性质。作为基层卫生单位，乡镇卫生院本应承担着基层一线医疗服务重任，但由于人才、设备和力量的缺失，当前乡镇卫生院的发展面临诸多难题，与县市的公立医院对比，甚至有生存之忧，如果将乡镇卫生院推向市场，基本可以宣告消亡，基层医疗服务就可能面临脱节的困境，因此必须财政兜底，把它归为公益一类事业单位，才能避免这种尴尬。
伴随着事业单位分类改革的推进，目前各地公立医院和高校都在大规模或局部试点推进改革，取消编制、尽可能地去行政化强化市场作用，以期推动行业人才流动，激活领域内一池春水。而乡镇卫生院的改革恰恰相反。过去，很多地方的乡镇卫生院都是差额拨款性质，除了财政拨付部分经费支持医院外，其余不足部分或超出预算部分都需要卫生院以经营收益补足，因此产生了以药养医、重经济轻公益等问题，为很多人诟病。
为了改变这种被动局面，进一步夯实基层医疗服务体系，近几年各地逐渐改变策略，将乡镇卫生院由过去的差额拨款性质转为全额拨款性质，用财政全额兜底的方式增加乡镇卫生院的服务功能、公益属性，使得乡镇卫生院成为县乡卫生系统的重要一环，在基层医疗体系末端发挥着不可或缺的作用。乡镇卫生院改革因此成为基层乡镇事业单位改革的一大特色和亮点。
当然，乡镇卫生院的机构性质虽然比过去更有保障，但在机构规格上，乡镇卫生院作为过去乡镇事业单位“七站八所”中的一员，并没有实质性的改变。以普通县区乡镇为例，乡镇基层事业站所一般是股级架构，也就是行政级别是科员，比如规建所、农技站、水利站等都是股级单位，其所长或站长理所当然为股级干部，即科员。乡镇卫生院也亦不例外，其行政规格与这些站所一样基本上都是股级，因此院长的三定即行政级别也就是管理九级（对应科员）。
所以在行政级别上，乡镇卫生院院长虽然听起来很牛逼，实际上级别与最底层的职员无异。不过因为事业单位可以“双肩挑”，乡镇卫生院院长人在管理岗，也可以通过职称评聘享受职称待遇，现实中很多乡镇卫生院院长走的是职称路线，工资待遇其实比一般的乡镇站所所长待遇要高。这也是乡镇卫生院院长较之于其他乡镇事业站所为数不多的优势。
