而在此时，能救卫军自己的方法，就只有逃亡，逃出卫所，才有一线生机，如此随着卫军的大量逃亡，“卫所制”的衰落也就无可避免了。其次，“卫所制”会衰落，还与卫所军队的军纪日益败坏有关。卫军的军纪会败坏，这与卫所将官的腐败是分不开的。俗话说得好“兵熊熊一个，将熊熊一窝”，一支军队要想军纪严明，其将领是至关重要的，若军队将领能以身作则，奉公执法，那这支军队的军纪绝对不坏，但若是他们自己贪污腐败，知法犯法，那正所谓“上梁不正下梁歪”，这支军队的军纪势必也就会败坏。
而事实上，自明中期后，随着朝廷日益腐败，卫所的那些将领们不可避免的也走向腐败的道路，“今京营诸将，多贾人子，厚金帛，结中官权贵而为之请讬者耳！夫彼既输财于此，不得不取偿于彼，故有索月钱需常礼，恣意诛求，若以为当然而不可易者。故国家岁漕东南之粟数百万石以赡兵，而兵岁出月粮之半以赡将”，为了升官，他们是拼命的剥削着底层兵士，从而利用这些剥削而来的钱财去贿赂朝中重臣，以此来获得升迁的机会。
而此时底层的兵士因被剥削的厉害，他们的生活早已无以为继，此时摆在他们眼里的选择，要吗就是逃亡，要吗就是兵变，要吗就是去剥削比他们地位还低的贫苦百姓。如此，此时若还留在卫所的兵士，基本上就是那些只知鱼肉百姓的兵士，因此试问就是这些只知鱼肉百姓，却不思训练的卫军，他们的军纪能好到哪里去呢？因此，试问卫所的军队多数都是这么一群只知鱼肉百姓，却不思训练，军纪败坏严重的卫军将士，“卫所制”岂能不衰落呢？如此，这也就难怪，为何到了明中期，明廷会利用募兵去组建作战部队了。
究其原因就在于明代的卫所军队已是不堪重用，先是兵额严重不足，再是其兵士又多是混吃等死，直知鱼肉百姓的弱旅，试问就是这样的卫所军队，明廷如何拿它去作战呢？让他们上，明军只会打败仗，只会输得很惨。当然，不可否认的是，明中后期“卫所制”虽有诸多弊端，但这些弊端多都是人为导致，其制度本身却是没有多大缺陷的，相反还有诸多的优点。
而对于明代而言，卫所制最大的优点无疑就是能帮助明廷在最快的时间内实现对新占领地区的绝对统治。首先，我们都知道明代的“卫所制”有两个特点，其一是“世袭”，你一人入了“军户”，你的妻子，你的儿子，就都是“军户”，你和你的儿子，孙子，直至明代亡国，都是大明士兵。其二是“兵农合一，守屯结合”，就是卫所军既是兵，又是农（一般情况下，一个卫5000余人，至少4000人专职种田，千人专职日常操练），是既负责驻守，又负责开垦。
因此，试想，若朝廷在某地置一个卫，或一个所，这会发生什么？比如说朝廷在某地置卫，那么也就是说至少有5000余卫所军进驻此地，而如刚才所说，卫所军因是“世袭制”，所以都是拖家带口的，他去哪里，其家庭就去哪里，因此说句不太严谨的话，朝廷虽说只是派了5000余人去镇守这里，但实际上却是让5000余户入驻这里，也就是说保守估计，一旦一个卫进驻在某个地方，至少有二三万忠于大明的军民在此地镇守。
而随着时间的逝去，最多十年的时间，这个数量至少会翻上二三倍。如此，随着此地忠于大明的军民的数量猛增，大明对于此地的控制势必也就会越来越牢固。因此，“卫所制”显然是有助于让大明在最短的时间去控制新占领的地区的，想想看，贵州为何会在明朝才被中原王朝完全控制住呢？还不是因为明廷在这里设置了数量众多的卫所吗？正是洪武年间在这里置五开卫，置五开前、五开后、五开左、五开右、五开中、平茶、黎平、中潮、铜鼓、新化亮寨、平茶屯、龙里、新化屯、五开中左、五开中右、五开中中等16所，让数十万忠于大明的军民直接入驻贵州，这才有了永乐时期顺利在贵州设省，对其进行直接控制的结果。
事实上，明代之所以能牢牢控制住湘西、川南、云南、贵州、广西等对于之前的中原王朝算是偏远的地区，靠的就是“卫所制”。当时，在这些地方，明廷需要面对着永不落幕的苗变侗变土家变，可真正能席卷半个省的存在却是寥寥无几，而这正是因“卫所制”的存在。“卫所制”让大明在这里拥有了远比少数民族要多的忠于大明的军民，如此，少数民族无论如何反叛，大明也都能牢牢控制住这里。
